有些食物的天然毒素集中在某些部位，只要把這些有毒的部位去除，便可去除毒素。舉例來說，蘋果和梨子的種子含有氰苷，人們咀嚼或消化這些水果的種子時，內含的氰苷會變成有毒的氰化氫。但只要去核後才榨果汁或製成果蓉，問題便可解決。由於幼兒對氰化氫特別敏感，因此要加倍小心。同樣道理，核果如杏、李子、西梅乾、桃和櫻桃的種子都不宜食用。
馬鈴薯一般含少量天然毒素苷生物鹼，但在發綠、發芽或損壞後苷生物鹼會大增。大部分苷生物鹼集中在馬鈴薯發芽、發綠和損壞部分，並會令馬鈴薯帶苦味。如馬鈴薯出現上述情形，應整個丟掉，因為很難判斷要把薯皮或發芽部分削多深才算安全，而且烹煮過程不能破壞苷生物鹼。為免馬鈴薯變綠、發芽而產生苷生物鹼，馬鈴薯應貯存在陰涼乾爽的地方。
徹底煮熟
適當處理和烹調可以把竹筍、北杏等食物中的氰苷含量減到安全水平。要安全食用竹筍，應把竹筍去皮、切成薄片和徹底煮熟。同樣地，北杏必須用清水浸透，並以沸水（例如湯）徹底煮熟後再多煮一段時間，以把裡面的氰苷減到安全水平。
植物血球凝集素是一種天然毒素，一般存在於生的青豆、紅腰豆和白腰豆等豆類。要安全食用，乾的豆類必須先以清水浸透；而無論是新鮮的豆還是乾豆，都要以沸水徹底煮熟，才能破壞裡面的植物血球凝集素。切勿進食生的或未經煮熟的豆類。罐裝豆在高溫處理的過程中，植物血球凝集素已被破壞。
限量進食
一些亞麻籽的食譜只用乾熱烹煮（如烘焙食品），但這種烹調方式降低亞麻籽氰苷含量的效果不如濕熱烹煮（例如水煮），因此不宜進食太多用這種方式烹煮的亞麻籽。
銀杏的種子（白果）是中國和其他東南亞國家的傳統食物。白果含天然毒素4'-甲氧基吡哆醇。雖然這種毒素十分耐熱，烹煮不會降低其毒性，但仍建議用水烹煮白果，因為這樣做可以消滅白果中的其他天然毒素。白果每次最多只可吃幾顆。
